Světelná mikroskopie a cytometrie

Ondrej Horváth

 

O pracovišti

Servisní laboratoř poskytuje metodické a přístrojové zázemí pro metody průtokové cytometrie a světelné mikroskopie. Laboratoř je vybavená dvěma průtokovými cytometry, které jsou vybaveny automatickým podavačem vzorků a jedním vysokorychlostním polychromatickým sorterem. Pracoviště provozuje i magnetický separátor buněk AutoMACS Pro. K mikroskopickému vybavení Mikroskopická část laboratoře je vybavena dvanácti mikroskopickými systémy sahajících od rutinních fluorescenčních mikroskopů, konfokálních mikroskopů až po high-end superrezuluční mikroskopické systémy STED a N-SIM. Většina přístrojového vybavení servisní laboratoře je dostupná samoobslužnou formou, pro proškolené uživatele.

Velký důraz se snažíme klást nejen na akvizici dat, ale také na zpracování získaných obrazových dat, jejich rekonstrukci a analýzu. Laboratoř poskytuje rovněž cytometrický sortovací servis.

Na pracovišti je dostupných několik pracovních stanic pro offline analýzu cytometrických (FlowJo) a mikroskopických dat (LAS,Huygens, MetaMorph, ImageJ, NIS Elements).

Servisní pracoviště pro světelnou mikroskopii je součástí Centra mikroskopie ÚMG – uzlu Czech-BioImaging a pražského uzlu Euro-BioImaging.

 

czech bio-imaging logo

 

Umístění: ÚMG – budova F, přízemí, 1. patro a 3. patro, místnosti 0.156, 0.159, 0.162.1, 0.163, 0.164, 0.165, hozak, 3.44, 3.93
Kontakt Tel.: 29644 3168, mobil: 773 979 818
Dokumenty Pravidla
Ceník
Informace pro externí uživatele
User survey
How to properly acknowledge the IMG Microscopy Centre

 

Pracovníci

Light Microscopy Facility Team  

Vedoucí Ondrej Horváth, M.D.
Výzkumní pracovníci RNDr. Michaela Blažíková, Ph.D.
Ing. Martin Čapek, Ph.D.
Ing. Ivan Novotný, Ph.D.

 

Přístrojové vybavení pro průtokovou cytometrii

BD LSRII průtokový cytometr

Průtokový cytometr LSRII (BD Biosciences) je vybaven 4 lasery a detektory pro FSC, SSC a 13 fluorescencí (3 PMT – 406 nm laser, 2PMT – 488 nm laser, 5 PMT – 561 nm laser a 3 PMT – 633 nm laser). Optická konfigurace cytometru LSRII je uživatelsky nastavitelná a uživatelé si mohou přístroj uzpůsobit pro své potřeby. K dispozici je velké množství fluorescenčních filtrů, které umožňují měření naprosté většiny fluorochromů užívaných v průtokové cytometrii. Cytometr je vybaven automatickým podavačem vzorků (HTS – high throughput sampler), pro měření vzorků přímo z 96 anebo 384 jamkových destiček.

Výchozí konfigurace fluorescenčních detektorů 405nm laser: Hoechst (450/50); BV510 (525/50); FuraRed (675/40)
488nm laser: FITC (525/50); PerCP (675/20)
561nm laser: PE (586/20); PE/A610 (610/20); PE/Cy5 (670/14); PE/Cy5.5 (712/21); PE/Cy7 (780/60)
644nm laser: APC (660/20); A700 (705/20); APC/A750 (780/60)
Umístění č. dv. 0.159
Tel. l. 3150
Rezervace Webcalendar: LSRII

BD FACSCalibur průtokový cytometr

Průtokový cytometr FACSCalibur je vybaven 2 lasery (488nm a 633nm), detektory pro FSC, SSC a 4 fluorescenčními detektory. Opticka konfigurace cytometru FACSCalibur je fixní a umožňuje měření FITC, PE, PE-Cy5(PI) a APC nebo jejich ekvivalentů. Cytometr FCASCalibur je rovněž vybaven HTS loaderem pro měření vzorků přímo z 96 anebo 384 jamkových destiček.

Konfigurace 488nm laser: FITC (530/30); PE (585/40); PerCP (640LP)
633nm laser: APC (660/20)
Umístění č. dv. 0.159
Tel. l. 3150
Rezervace Webcalendar: Calibur

BD Influx vysokorychlostní sorter

Influx je vysokorychlostní polychromatický jet-in-air sorter firmy BD Biosciences schopný sortovat rychlostmi až 50 000 částic/s. Je vybaven 5 solid state lasery: UV laser (355nm) JDSU Xcyte 100mW, fialový laser (405nm) Melles Griot 100mW, modrý laser (488nm) Coherent Sapphire 100mW, žlutý laser (561nm) Cobolt Jive 150mW, červený laser (644nm) Melles Griot 120mW. Systém umožňuje měření předního (FSC) a bočního (SSC) rozptylu světla a je vybaven 14 fluorescenčními detektory a umožňuje tak měření široké škály fluorescenčních značek i fluorescenčních proteinů. FSC kanál je navíc vybaven „small particle option“ pro měření malých částic od cca 500nm.
Sorter je vybaven automatickou depoziční jednotkou, pro možnost sortování buněk přímo do kultivačních destiček (384 jamkových a méně) či na jiné nosiče, např. AmpliGrid a pod. Systém umožňuje 6 cestné sortování. Sorter je umístěn v místnosti pro tkáňové kultury ve vlastním laminárním boxu II. třídy a je rovněž vybaven systémem evakuace aerosolů ze sortovací komory, což by mělo zajišťovat co nejvyšší ochranu operátora i sortovaného vzorku.
Technická vyspělost a vybavení přístroje umožňuje jeho využití v široké škále aplikací.

Základní konfigurace fluorescenčních detektorů 355nm laser: 460/50 – DAPI, Hoechst-blue; 670/30 – Hoechst-red, PI
405nm laser: 460/50 – Pacific Blue; 550/50 – Cascade Yellow
488nm laser: 530/30 – FITC; 670/30 – PerCP; 710/50 – PerCP/Cy5.5
561nm laser: 585/29 – PE; 610/20 – PE/A610; 670/30 – PE/A647; 750LP – PE/A750
644nm laser: 670/30 – APC; 720/40 – A700; 750LP – APC/A750
Umístění č. dv. 0.162.1
Tel. l. 3433
Rezervace Webcalendar: influx
Kalendář je určen pouze k nahlížení! Všechny sorty musí být předem domluveny a rezervovány s operátorem sorteru. Zdeněk Cimburek – zdenek.cimburek@img.cas.cz, l. 3433, 3168

AutoMACS Pro magnetický separator buněk

Magnetický separátor Auto MACS Pro (Miltenyi Biotec) je automatizovaný magnetický separátor využívající technologii třídění buněk pomocí označení buněk paramagnetickými nanopratikulemi a jejich následnou separaci v silném magnetickém poli. Přístroj umožňuje automatickou pozitivní i negativní selekci až šesti buněčných suspenzí v objemech od 0,2ml do 50ml.

Umístění č. dv. 0.162.1
Tel. l. 3433
Rezervace Webcalendar: MACS

 

Přístrojové vybavení pro světelnou mikroskopii

 

Konfokální mikroskopy

Konfokální mikroskop Leica TCS SP5 AOBS Tandem

Inverzní mikroskop Leica DMI 6000B vybaven motorizovaným stolek se Super Z-galvo – pohyb stolku v osách X,Y,Z, kompletním vybavením pro procházející světlo, včetně diferenciálního interferenčního kontrastu pro objektivy 20x, 40x, 63x a 100x. Zdroj fluorescenčního světla EL6000 120W s regulací intenzity osvětlení.

Osvětlení Hg výbojka 120W Konfokální lasery: Fialový diodový laser (405nm), Argon ion laser (458, 476, 488, 496, 514nm), DPSS laser (561nm), HeNe laser (633nm)
Objektivy HC PL APO 10x/0,40 CS HC PL APO 20x/0,7 IMM Corr λBL , LP/-/C HC PL APO 40x/1,30 OIL CS2, LP/0,17/D HCX PL APO 63x/1,30 GLYC CORR. 37°C, LP/0,14-0,20/D HC PL APO 63x/1,40 OIL, CS2, LP/0,17/D HCX PL APO 100x/1,40 OIL, LP/0,17/D
Fluorescenční kostky A (Ex:340-380, Em:LP425) I3 (Ex:450-490, Em:LP515) N2.1 (Ex:515-560, Em:LP590) Cy5 (Ex:620/60, Em:700/75)
Konfokální nástavec Leica TCS SP5 AOBS Tandem. Buzení lasery plynule nastavitelné přes akusto-optický laditelný filtr (acousto-optical tunable filter, AOTF), programovatelné buzení až v osmi vlnových délkách. Systém je vybavem akusto-optickým děličem svazku (AOBS), který zajišťuje okamžitě přizpůsobení optiky dle nastavení AOTF pro požadované vlnové délky. Mikroskop je vybaven pěti fluorescenčními detektory se spektrálně laditelnou detekcí v rozsahu 400 – 800nm a je navíc vybaven detektorem procházejícího světla. Tandemový skener obsahuje jak standardní skener (10-1400Hz řádková frekvence), tak i resonanční skener, pracující na frekvenci 8000 Hz. Oba sknery jsou schopny pracovat v režimu obousměrného skenování, což zdvojnásobuje rychlost skenování. Maximální rozlišení skeneru je 8192 x 8192 pixelů.
Další vybavení Mikroskop je uzavřen v inkubátoru pro práci při regulované teplotě a CO2 atmosféře.
Software Lecica Application Suite Advanced fluorescence, FRET, FRAP, Live Data.
Umístění č. dv. 01.127 – suterén
Tel. l. 3170
Rezervace Webcalendar: sp5

Konfokální mikroskop Leica TCS SP8

Invertovaný mikroskop DMI6000CEL s konfokálním nástavcem Leica TCS SP8, v motorizovaný stolek mikroskopu v osách X a Y, kompletní vybavení pro pozorování a skenování preperátů v procházejícím světle, včetně vybavení pro diferenciální interferenční kontrast. Konfokální hlava se se dvěma fluorescenčními detektory.

Osvětlení EL6000, Hg výbojka, 120W Lasery pro konfokální mikroskopii: pevnolátkové lasery 488 nm (20mW), 552 nm (20mW), 638 nm (30 mW), 405 nm DMOD laser (50 mW).
Objektivy HC PL FLUOTAR 10x/0.30 HC PL FLUOTAR 25x/0.75 OIL HC PL APO 40x/1,30 OIL CS2 HC PL APO 63x/1,40 OIL, CS2
Fluorescenční kostky / otočné karusely DAPI (A) (Ex:340-380, Em:LP425) FITC (I3) (Ex:450-490, Em:LP515) RHOD (N2.1) (Ex:515-560, Em:LP590) Cy5 (Y5 ET) (Ex:620/60, Em:700/75) CFP (Ex: 436/20, Em: 480/40)
Konfokální skenovací hlava Skenovací konfokální hlava Leica TCS SP8. Intenzita budících laserů je regulována pomocí akustooptického krystalu AOTF. Konevční skener FOV SP8, maximální rozlišení 8192×8192 px, pracující na rychlostech 1-1800 Hz (7fps@512×512 px), zoom 0,75x – 48x, 2 interní PMT detektory se spectrálně laditelným rozsahem detekce (400 – 800nm), detektor procházejícího světla.
Další vybavení Rotační inzert
Software LAS X 64bit
Umístění č. dv. 3.93
Tel. l. 3397
Rezervace Webcalendar: sp8

 

Fluorescenční mikroskopy

Invertovaný fluorescenční mikroskop Leica DMI6000 s TIRF iluminací

Invertovaný fluorescenční mikroskop Leica DMI6000 B s module pro TIRF iluminaci, vybavený motorizovaným stolekem se Super Z-galvo (pohyb stolku v osách X,Y,Z) a kompletním vybavením prpozorování v procházejícím světle, včetně diferenciálního interferenčního kontrastu pro objektivy Zdroj fluorescenčního světla EL6000 s regulací intenzity osvětlení. Systém je vybaven externími otočnými karusely pro rychlou výměnu fluorescenčních filtrů, a to jak v excitační tak i emisní optické dráze.

Osvětlení Hg lampa 120W TIRF lasery: 405nm, 488nm, 561nm, 633nm
Objektivy HCX PL Fluotar 10x/0,30 Dry PH1, LP/-/D HCX PL Fluotar 20x/0,40 Dry, CORR PH1, LP/0-2/C N-PLAN L 40x/0,55 CORR, LP/0-2/C HCX PL APO 63x/1,3 Glyc Corr. 37°C, LP/0,14-0,20/D HCX PL APO 63x/1,40-0,60 OIL CS, LP/0,17/D HCX PL APO 100x-1,46 OIL, CORR, LP/0,10-0,18/D
Fluorescenční kostky/otočné karusely A (Ex: 340-380, Em: LP425) CFP-T (Ex: 424/44, Em: 480/40) GFP-T (Ex: 490/20, Em: 525/50) YFP-T (Ex: 490/20, Em: 535/30) Cy3-T (Ex: 560/10, Em: 610/65) Cy5-T (Ex: 635/10, Em: 720/60) TRI (B/G/R) (ExFW: 420/30; 495/15; 570/20, Em: 457/22;530/20;628/28) FRE kostka pro CFP/YFP Fret (ExFW: 436/12, 500/20; EmFW: 467/37, 545/45) QUAD-T (Ex: 405/12, 490/20, 560/30; EmFW: 450/50, 525/36,600/32,705/72)
Kamery Leica DFC350FX R2 – vysoce citlivá monochromatická digitální kamera s rozlišením 1,4 MPx. Leica DF300 FX – vysoce citlivá barevná digitální kamera s rozlišením 1,4MPx Vysoce citlivá back-iluminated kamera Andor iXon 897, 512×512 px vhodná pro single molecule live cell imaging, 34 snímků/s.
Další vybavení Klimatický box pro práci při regulované teplotě a CO2
Software Lecica Application Suite Advanced fluorescence, deconvolution, FRET, FRAP, Live Data.
Umístění č. dv. 01.127 – suterén
Tel. l. 3171
Rezervace Webcalendar: tirf

Invertovaný fluorescenční mikroskop DeltaVision s laserovou fotomanipulací

Inverzní fluorescenční mikroskop Olympus IX-71, motorizovaný stolek, posun v osách X,Y,Z, vhodný pro multi-location time-lapse experimenty a dekonvoluci, autofokus pro zajištění maximální stability zaostření v celé ploše vzorku.

Osvětlení Lumencor LED excitační vlnové délky: DAPI (390/18) CFP (438/24) GFP/FITC (475/28) YFP (513/17) RD-TR-PE (542/27) mCherry/Alexa594 (575/25) Cy5 (632/22) Lasery pro fotomanipulaci (volitelná velikost osvětleného bodu): PoinSource iFlex2000 405nm laser Coherent Sapphire 488nm laser o výkonu 20mW s plynulou regulací výkonu
Objektivy 20x/0,50 Phase, UPLFL Dry 40x/0,75 U PLAN 40x/1,35 U APO/340 Oil 60x/1,42 Plan APO N Oil
Fluorescenční otočné karusely DAPI (435/40) FITC (512/18) RD-TR-PE (585/29) Alexa 594 (589/23) Cy5 (605/15) GFP (525/50) mCherry (632/60) CFP (465/30) YFP (559/34)
Fluorescenční kostky  – dichroická zrcadla Standard (DAPI, FITC, RD-TR-PE, Cy5) Live Cell (CFP, YFP, mCherry) Alexa (GFP, mCherry, Alexa 594)
Kamery Vysoce citlivá kamera Photometrics CoolSANP HQ, 1024×1024 px,vhodná pro live imaging a aplikace s nízkou intezitou fluorescence.
Další vybavení Klimatický box pro práci při regulované teplotě a CO2
Software software SoftWorx pro obsluhu mikroskopu umožňující provádění a vyhodnocování FRAP, FRET nalaýz, time-laps pokusů, 3D aD rekonstrukce, a vyhodnocování kolokalizace fluorescenčních signálů, dekonvoluce.
Umístění č. dv. 01.127 – suterén
Tel. l. 3172
Rezervace Webcalendar: dv

Olympus Cell^R/Scan^R

Cell^R and Scan^R je duální systém postavený na invertovaném těle mikroskopu Olympus IX81. Systém je vybaven v osách X, Y a Z motorizovaným stolkem, včetně inzertů pro podložní skla, petriho misky a mikrotitrační destičky. Cell^R modul umožňuje vícepoziční časosběrné experiment, Scan^R modul pak především snímání celých ploch Petriho misek či mikrotitračních destiček. Mikroskop je vybaven klimatickou komorou umožňující práci s živými buněčnými kulturami s kontrolovanou teplotou a atmosférou CO2.

Osvětlení MT20 Xe Hg výbojka. Intensivní emisní vrcholy 365, 405, 436, 546 a 577 nm; 150W.
Objektivy 10x/0.3 UPLFNL PH1 20x/0.45 LUCPLFN PH1 40x/0.6 LUCPLFN PH2 10x/0.4 UPLSAPO 40x/1.3 UPLFN, oil 60x/1.35 UPLSAPO, oil Tube lens 1.6x
Fluorescenční excitační otočný karusel DAPI 330-380 nm FITC 480-495 nm TRITC 540-565 nm GFP 460-480 nm HQ Cy5 595-650 nm CFP 430-440 nm YFP 490-510 nm
Fluorescenční kostky Triple – DAPI/FITC/TRITC (455-465/515-530/590-620 nm) Single – GFP HQ (495-540 nm HQ) Single – Cy5 (670-740 nm) Dual – CFP/YFP (460-480/520-570 nm)
Kamery Digitální CMOS kamera Hammamatsu ORCA-Flash4.0 V2, 1344×1024 px, vhodná pro zobrazování živých buněk.
Další vybavení Klimatická komora umožňující práci s živými buněčnými kulturami při 37°C v kontrolované atmosférě CO2 Mikroinjektor FmetoJet (Eppendrof) pro mikroinjekce malých objemů (až 100 pl). Mikroinjektor má širokou škálu použití, jednoduché ovládání a je vybaven zabudovaným kompresorem pro zajištění požadovaného tlaku mikroinjekce. Inject Man NI 2 mikromanipulátor sloužící pro přesné ovládání mikroinjektoru s hrubým a přesným ovládáním polohy pomocí joysticku. Pracovní rozsah mikromanipulátoru je 20 mm ve všech osách a polohování je programovatelné umožňující poloautomatickou mikroinjekci do adherentních buněk.
Software Samostané softwarové moduly Cell^R a Scan^R. Cell^R modul umožňuje akvizici obrazových dat ve 3D, multi-poziční a časosběrné experimenty. Scan^R software obsahuje dva oddělené moduly pro sběr a analýzu dat.
Umístění č. dv. 3.44
Tel. l. 3106
Rezervace Webcalendar: ScanR

Leica LMD6000 laserový mikrodisekční mikroskop

Laserový mikrodisekční mikroskop LMD6000 postaven na těle fluorescenčního mikroskopu DM6000B a umožňuje precizní řezání a izolaci velmi malých oblastí pozorovaného preparátu. Pro sběr materiálu jsou využívány zkumavky Eppendorf (0,5 a 0,2 ml).

Osvětlení EL6000, Hg výbojka, 120W
Objektivy 150x/0.9 HCX PL FLUOTAR, MICRODISSECTION 100x/1.3 HCX PL FLUOTAR, PH3, oil 63x/0.7 HCX PL FLUOTAR, CORR PH2 40x/0.6 HCX PL, PH2Xtcor 20x/0.4 HCX PL FLUOTAR, CORR PH1 10x/0.3 HCX PL FLUOTAR, PH1 6x/0.13 UVI, MICRODISSECTION
Fluorescenční kostky / otočné karusely A – ex: BP340-380, DM: 400, em. LP 425 I3 – ex. BP 450-490, DM: 510, em. LP 515 N2.1 – ex. BP 515-560, DM: 580, em. LP 590 Y3 – ex. BP 545/30, DM: 565, em. BP 610/75
Kamery Leica DFC 350FX
Další vybavení Pevnolátkový laser 355 nm pro laserovou mikrodisekci
Software Leica Laser Microdissection V7.3
Umístění č. dv. 3.93
Tel. l. 3397
Rezervace Webcalendar: laserdissection

Fluorescenční mikroskop Leica DM6000

Rutinní vzpřímený fluorescenční mikroskop s motorizovaným stolkem v osách X a Y s plně motorizovanou optickou cestou pro procházejcí světlo i fluorescenci.

Osvětlení Leica EL 6000, HXP 120/45 vis
Objektivy HC PL Apo 10x/0.40 PH1 HC PLAN Apo 20x/0.70 PH2 HCX PL Apo 40x/0.75 PH2 HCX PL Apo 63x/1.40 oil PH3 CS HCX PL Apo 100x/1.40-0.70 oil
Fluorescenční kostky / otočné karusely A4 (DAPI) (Ex: 360/40, DM: 400, Em: 470/40) L5 (FITC) (Ex: 480/40, DM: 505, Em: 527/30) N3 (TRITC) (Ex: 546/12, DM: 565, Em: 600/40) Y5 (Cy5) (Ex: 620/60, DM: 660, Em: 700/75)
Kamery Leica DFC 350FX Leica DFC490 (color)
Software LAS AF 2.1.0 32bit
Umístění č. dv. 1.88
Tel. l. 3162
Rezervace Starý rezervační systém

Invertovaný fluorescenční mikroskop DMI6000

Invertovaný fluorescenční mikroskop Leica DMI6000 vybavený klimatickou komorou, vybavený motorizovaným stolkem, vhodný pro snímání živých buněk.

Osvětlení Leica EL 6000, HXP 120/45 vis
Objektivy N PLAN 10x/0.25 PH1 HCX PL FLUOTAR 20x/0.40 CORR HCX PL FLUOTAR 40x/0.60 CORR HCX PL Apo 63x/1.40-0.60 oil
Fluorescenční kostky / otočné karusely A4 (DAPI) (Ex: 360/40, DM: 400, Em: 470/40) GFP (Ex: 470/40, DM: 500, Em: 525/50) N3 (TRITC) (Ex: 546/12, DM: 565, Em: 600/40) Y5 (Cy5) (Ex: 620/60, DM: 660, Em: 700/75)
Kamery Leica DFC360FX
Další vybavení Mikroskop je vybaven klimatickou komorou pro práci při 37°C a regulované atmosféře CO2.
Software LAS AF 2.6.0 32bit
Umístění č. dv. 1.88
Tel. l. 3162
Rezervace Starý rezervační systém

Fluorescenční mikroskop Leica DMI4000B

Rutinní fluorescenční mikroskop s manuálním stolkem, manuálním ostřením a manuálně ovládaným karuselem objektivů.

Osvětlení Leica Xe 75W
Objektivy N PLAN 10x/0.25 PH1 N PLAN L 40x/0.55 CORR PL Apo 63x/1.40 oil
Fluorescenční kostky / otočné karusely CFP (Ex: 436/20, DM: 455, Em: 480/40) GFP (Ex: 470/40, DM: 500, Em: 525/50) YFP (Ex: 500/20, DM: 520, Em: 535/30) RFP Y5 (Cy5) (Ex: 620/60, DM: 660, Em: 700/75)
Kamery Leica DC350FX
Další vybavení Microscope is enclosed in climate chamber for work at 37°C and regulated CO2 atmosphere.
Software LAS 2.2.0 32bit
Umístění č. dv. 3.44
Tel. l. 3106

 

Superrezoluční mikroskopy

Leica TCS SP8 STED 3X

Invertovaný mikroskop DMI6000 AFC Bino s konfokálním nástavcem Leica TCS SP8, motorizovaný stolek mikroskopu v osách X a Y, Super Z galvo skenovací inzert, systém pro automatické udržení roviny zaostření, kompletní vybavení pro pozorování a skenování preperátů v procházejícím světle včetně vybavení pro diferenciální interferenční kontrast pro všechny objektivy. Konfokální hlava se se dvěma fluorescenčními detektory a jedním vysoce citlivým HyD detektorem s možností časově rozlišené detekce signálu. Systém je vybaven STED 3X modulem a 660 nm delečním laserem a umožňuje superrezoluční snímání technikou stimulované deplece emise (rozlišení až 50 nm laterálně, 130 nm axiálně).

Osvětlení EL6000, Hg arc lamp, 120W Excitační lasery: Pulsní bílý laser (WLL2) 470 nm-640 nm s krokem 1nm, 8 paralelních laserových linek, 1.5 mW na každé lince, excitace kontrolovaná pomocí AOTF. 405 nm CW DMOD laser (50 mW). Depleční laser: 660 nm STED depleční laser, výkon >1.5 W
Objektivy HC PL APO 10x/0.40 CS HC PL APO 20x/0.75 CS IMM CORR CS2 STED White Objective CS 100x/1.40 OIL
Fluorescenční kostky / otočné karusely DAPI (A) (Ex:340-380, Em:LP425) FITC (I3) (Ex:450-490, Em:LP515) RHOD (N2.1) (Ex:515-560, Em:LP590) Cy5 (Y5 ET) (Ex:620/60, Em:700/75)
Konfokální skenovací hlava Konfokální skenovací nástavec Leica TCS SP8. Excitace lasery regulovaná pomocí akustooptického laditelného filtru (AOTF). Konvenční skener FOV SP8 s maximálním rozlišením 8192x8192px pracující na rychlostech 1-1800 Hz (7fps@512×512 px), zoom funkce 0,75x-48x, spektrálně laditelná detekce, 2x fotonásobič pro detekci fluorescence (400-800 nm), 1x HyD detektor (400-720 nm) s funkcí time-gating pro časově rozlišenou detekci fluorescence (0-12 ns, krok 0,1 ns), 1x detektor procházejcího světla
STED module STED 3X s 3D STED funkcí umožňující plynulou optimalizaci rozlišení v osách X, Y a Z. maximální laterální rozlišení 50nm, maximální axiální rozlišení 130 nm.
Software LAS X 64bit s LAS AF SP8 Dye Finder, 3D visualizací, deconvolucí a modulem pro kolokalizaci
Umístění č. dv. 01.127 – suterén
Tel. l. 3296
Rezervace Webcalendar: sted

DeltaVision OMX™ s Blaze SIM Modulem, DSSI localizací aTIRF illuminací

DeltaVision OMX je pokročilý multimodální superrezoluční microscop, který umožňuje snímání ve vysokém rozlišení použitím metody 3D strukturované iluminace (3D-SIM) nebo metody lokaliyační mikroskopie DSSI. Blaze SIM Modul nabízí vysokorychlostní snímání v 3D-SIM vhodné pro snímání živých buněk. Systém lze použít I pro vysokorychlostní widefield snímání a fotokinetické experiment typu FRAP.

 

Očekávané nominální hodnoty rozlišení při použití 3D SIM pro různé vlnové délky

Excitační vlnová délka 3D-SIM Rozlišení v XY 3D-SIM Rozlišení v Z
405 nm 110 ± 5 nm 340 ± 10 nm
445 nm 115 ± 5 nm 340 ± 10 nm
488 nm 120 ± 5 nm 340 ± 10 nm
514 nm 120 ± 5 nm 350 ± 10 nm
568 nm 135 ± 5 nm 350 ± 15 nm
642 nm 160 ± 5 nm 380 ± 20 nm

 

Objektivy

  • 60x 1.42, PlanApo N, Oil Immersion
  • 100x 1.49, TIRF, UApo N, Oil Immersion
  • 60x 1.3, UPlanSApo, Silicone Immersion 

 

Světelné zdroje

Pro widefield fluorescenční snímání – InsightSSI illumination module, standardní závěrky, pracovní čas závěrky ~ 1.8 ms
Pro 3D SIM, TIRF a localizační mikroskopii – 6 laserů s vysokorychlostními galvanometricky kontrolovanými závěrkami, pracovní čas závěrky ~ 200 μs

 

InsightSSI jednotka, specifikace:

Označení Interval vlnových
délek (nm)
Střední hodnota/rozsah
(nm)
Nominalní výkon
(mW) Min.
Nominalní výkon
(mW) Max.
DAPI 381–410 395.5/29 80 140
CFP 426–450 438/24 80 140
FITC/GFP 461–493 477/32 55 110
YFP 505–520 512.5/15 11 35
mCherry 562–581 571.5/19 60 125
Cy5/DIC 638–653 645.5/15 20 45

 

Specifikace laserových světelných zdrojů pro DeltaVision OMX:

Laser 405 nm 445 nm 488 nm 514 nm 568 nm 642 nm
Typ Diode Diode OPSL OPSL OPSL Diode
Vlnová délka (nm) 405 ± 2 445 ± 5 488 ± 2 515 ± 2 568 ± 1 642 ± 2
Výkon výstupní (mW) 100 ± 10 100 ± 5 100 ± 4 100 ± 6 100 ± 4 110 ± 10

 

Excitační filtry

Označení Střední hodnota
vlnové délky (nm)
Šířka pásma (nm) Transmise (%T) Stíněná pásma (nm)
DAPI 395.5 ± 2.0 29.0 ± 2.0 ≥ 90 300–371, 420–710
FITC 477.0 ± 2.0 32.0 ± 2.0 ≥ 90 300–451, 503–710
mCherry, Alexa Fluor 568 571.0 ± 2.0 19.0 ± 2.0 ≥ 90 300–552, 591–710
Cy5 645.5 ± 2.0 15.0 ± 2.0 ≥ 90 300–628, 663–710
CFP 438.0 ± 2.0 24.0 ± 2.0 ≥ 90 300–416, 460–710
YFP 512.5 ± 2.0 15.0 ± 2.0 ≥ 90 300–495, 530–710

 

Emisní filtry

Označení Střední hodnota
vlnové délky (nm)
Šířka pásma (nm) Transmise (%T) Stíněná pásma (nm)
DAPI 435.5 ± 2.0 31.0 ± 2.0 ≥ 90 300–410, 461–710
FITC 528.0 ± 2.0 48.0 ± 2.0 ≥ 90 300–494, 562–710
mCherry, Alexa Fluor 568 609.0 ± 2.0 37.0 ± 2.0 ≥ 90 300–580.5, 637–710
Cy5 683.0 ± 2.0 40.0 ± 2.0 ≥ 90 300–653
CFP 477.5 ± 2.0 35.0 ± 2.0 ≥ 90 300–450, 505–710
YFP 541.0 ± 2.0 22.0 ± 2.0 ≥ 90 300–520, 562–710

 

Kamery

4x pco.edge sCMOS, rychlost odezvy 95 MHz, 286 Mhz, bitová hloubka – 15 bit.

Kamera
velikost pixelu
40× objektiv
velikost pixelu
60× objektiv
velikost pixelu
100× objektiv
velikost pixelu
6.5 μm 120 nm 80 nm 48 nm

 

XYZ posun

XYZ nanomover a superrychlé Z-piezo

Parametr Očekávaný rozsah hodnot poznámky
Rozsah stolku (XY) 25 × 25 mm  
Y přesnost < 10 μm na 10 mm posunu Tovární a instalační hodnoty
X přesnost < 10 μm na 10 mm posunu Tovární a instalační hodnoty
Z piezo reproducibilita ± 50 nm 30 μm maximální rozsah během Z-stack akvizice. 100 μm absolutní rozsah
XYZ Nanomover reproducibilita ± 100 nm 25 mm total travel
Z piezo přesnost kroku 4 nm  
XYZ Nanomover přesnost kroku 10 nm  

 

Držáky vzorků:
Pro standardní 75 × 25 mm fixované preparáty
Pro 35 mm petriho misky
Pro vícekomůrkové “labtec” destičky

 

Software:
DeltaVision OMX mikroskop je řízen softwarem OMX Acquisition control který běží na PC OMX Master s operačním systémem Windows 7.
Rekonstrukce, anaýza obrazu a lokalizační algoritmus je součásti SoftWoRx softwarového balíku a běží na pracovní stanici s instalovaným CentOS v6 (Linux) operačním systémem. Součástí SoftWoRx software jsou algorithmy nezbytné pro rekonstrukci 3D-SIM superrezolučních obrázků. Stejně tak jsou zde obsaženy algoritmy pro dekonvoluci widefield fluorescencních dat.
Data z lokalizační mikrosopie jsou zpracovávány pomocí algoritmů Dense Stochastic Sampling Imaging (DSSI) používající multiple-Gaussian fitting.

 

Umístění: č.dv. 3.96
Telefon: I. 3397
Rezervace: Webcalendar: omx

 

Holografický mikroskop

Tescan Q-PHASE, multimodal holographic microscope

Systém Q-Phase je unikátní přístroj pro kvantitativní zobrazení fáze (QPI) založené na patentované technologii koherencí řízené holografické mikroskopie (CCHM), který využívá mimoosové holografie ve spojení s achromatickým interferometrem a poskytuje vysokou kvalitu obrazu. Jedná se o invertovaný mikroskop, uzavřený v klimatické komoře, plně motorizovaný, vybavený modulem pro snímání fluorescence, který je vhodný pro snímání živých buněk in-vitro.

Osvětlení QPI – halogenová výbojka
Fluorescence – Sutter Instrument Lambda XL
Objektivy 4x/0,1
10x/0,3
20x/0,5
40x/0,95
60x/1,4
Fluorescenční kostky / otočné karusely ˆ„Pinkel“ set filtrů optimalizovaný pro snímání DAPI, FITC a Texas Red
Kamery Nikon DS-Qi1Mc (1.5 MPx)
Další vybavení Inkubační komora 37°C, piezo inzert pro rychlou změnu roviny zaostření s rozsahem pohybu 500 μm
Software Software Tescan Q-Phase umožňující plné ovládání mikroskopu, akvizici multidimenzionálních dat (časosběrné, vícekanálové, multipoziční experimenty, snímání v ose Z).
Umístění č. dv. 0.163
Tel. l. 3296
Rezervace Webcalendar: holography

 

Galerie

 

 

Finanční podpora

Činnost Centra mikroskopie – servisní laboratoře pro světelnou mikroskopii je podpořena z účelové podpory pro velké výzkumné infrastruktury  Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy ČR v rámci projektu „Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování (Czech-BioImaging – LM2015062)“.

 

Poslední změna: 1. červen 2017