Servisní laboratoř funkční genomiky a bioinformatiky

 

Místo ÚMG – budova F, místnosti 2.51, 2.64
Kontakt Tel.: 29644 3148 (laboratoř), 24106 3412 (vedoucí)
Dokumenty Ceník
Poptávkový formulář(nový ceník je v prípravě)

 

O pracovišti

V rámci servisní laboratoře zpracováváme vzorky pro funkční genomiku a transkriptomiku, včetně analýz na úrovni jednotlivých buněk, a poskytujeme NGS sekvenační služby. Nabízíme konzultace k projektům a experimentálnímu designu. Provádíme primární bioinformatickou analýzu dat. Služby poskytujeme výzkumným skupinám Ústavu molekulární genetiky, ostatním akademickým institucím i komerčním subjektům.

Servisní laboratoř je vybavena sekvenátory Illumina NextSeq 500 a Oxford Nanopore Minion Mk1b, dvěma systémy pro přípravu knihoven z jednotlivých buněk (10x Genomics Chromium Controller a Bio-Rad ddSEQ), dvěma RT-qPCR cyklery (Roche LC480), dvěma staršími microarray platformami (Affymetrix GeneChip System a Illumina BeadStation 500) a čtečkou EnVision Plate Reader od PerkinElmer. Laboratoř dále provozuje přístroje pro analýzu kvality a kvantity analyzovaných vzorků (spektrofotometr Nanodrop, fluorimetr Qubit, kapilární elektroforézy Agilent Bioanalyzer 2100 a Agilent Fragment Analyzer 5200). Jako sdílené vybavení jsou k dispozici dva ultrazvukové sonikátory (Covaris ME 220 a Bioruptor).

Servisní laboratoř je součástí Oddělení genomiky a bioinformatiky.

Pracovníci

Vedoucí Ing. Hynek Strnad, Ph.D.
Zástupce vedoucího Mgr. Michal Kolář, Ph.D.
Odborní pracovníci Ing. Miluše Hradilová (Hroudová), Ph.D. (částečný úvazek)
Ing. Martina Chmelíková (mateřská dovolená)
Mgr. Šárka Kocourková
Mgr. Marcela Vedralová (mateřská dovolená)

 

Galerie

 

 

Pravidla pro přístup do laboratoře

Přístup pro interní uživatele

Interním uživatelem servisní laboratoře funkční genomiky a bioinformatiky je každý uživatel přístrojového vybavení laboratoří, který je zaměstnancem ÚMG.

Pro využívání služeb servisní laboratoře funkční genomiky a bioinformatiky musí mít interní uživatel založen uživatelský účet v systému pro správu identit uživatelů v síti img.cas.cz s oprávněním pro přihlašování na počítače v servisních laboratořích.

 

Registrační procedura

Přihlašte se do rezervačního systému Calpendo na ÚMG. Pokud chcete využívat služby servisní laboratoře funkční genomiky a bioinformatiky (FGB), zaregistrujte se do facility dle instrukcí na stránce Register facility.

Přístup pro externí uživatele

Externím uživatelem servisní laboratoře funkční genomiky a bioinformatiky je každý uživatel přístrojového vybavení laboratoří, který není zaměstnancem ÚMG.

Pro využívání služeb servisní laboratoře funkční genomiky a bioinformatiky musí mít externí uživatel založen uživatelský účet v systému pro správu identit uživatelů v síti img.cas.cz s oprávněním pro přihlašování na počítače v servisních laboratořích.

Pracovníci servisní laboratoře mohou kdykoliv požádat o zrušení přístupu externího uživatele.

 

Registrační procedura

Prosím neregistrujte se, pokud jste již uživatelem rezervačního systému Calpendo na ÚMG. Pokud chcete využívat služby servisní laboratoře funkční genomiky a bioinformatiky (FGB), zaregistrujte se do facility dle instrukcí na stránce Register facility.

 

Prosím zaregistrujte se, pokud ještě nejste uživatelem rezervačního systému Calpendo na ÚMG.

  • Pro zřízení přístupu ke službám servisní laboratoře funkční genomiky a bioinformatiky se prosím zaregistrujte prostřednictvím tohoto odkazu.
  • Vyplňte prosím formulář a uveďte veškeré potřebné informace o vašem zaměstnavateli, vaše kontaktní údaje a kontaktní údaje na vašeho nadřízeného
  • Odešlete žádost o registraci stisknutím Submit.
  • Bude vám zasláno potvrzení o příjetí žádosti na vaši emailovou adresu a vaše žádost bude vyřízena pracovníky servisní laboratoře.
  • Poté co vám budou předány přístupové údaje a registrace do servisní laboratoře funkční genomiky a bioinformatiky potvrzena vaším nadřízeným, budete informován prostřednictvím emailu a od té chvíle můžete vstupovat do rezervačního systému a začít využívat služeb servisní laboratoře funkční genomiky a bioinformatiky.

Poslední změna: 22. červen 2021