Specialista v oblasti datové infrastruktury a služeb (Life Sciences)

Nejde o běžný vývoj podnikových aplikací – vytváříme infrastrukturu, která propojuje laboratorní přístroje, datová úložiště, repozitáře a výpočetní platformy a umožňuje výzkumníkům a výzkumnicím efektivně pracovat s experimentálními daty. Výsledky vaší práce budou mít přímý dopad na moderní vědecký výzkum.

Budete jedním z prvních technických členů týmu nově vznikajícího Servisního pracoviště správy výzkumných dat a digitálních služeb (Research Data Management and Digital Services). Dostanete prostor ovlivnit technologický směr, navrhovat řešení a postupně převzít odpovědnost za klíčové části celé platformy. Ve spolupráci s vedoucím týmu, data stewardem a výzkumnými pracovníky budete navrhovat a realizovat řešení od architektury až po produkční provoz.

Nově vznikající servisní pracoviště bude zajišťovat institucionální podporu v oblasti správy výzkumných dat a současně koordinovat vybrané digitální nástroje a informační systémy podporující výzkumnou činnost a služby servisních pracovišť. Cílem pracoviště je nastavit jednotné procesy a standardy pro správu výzkumných dat v souladu s principy FAIR, Open Science, požadavky poskytovatelů financování i relevantní legislativou, a zároveň poskytovat podporu při zavádění a rozvoji vybraných výzkumných informačních systémů.

Náplň práce

• Podílet se na návrhu a implementaci end-to-end řešení pro sběr a zpracování dat z laboratorních přístrojů
• Integrovat heterogenní systémy (laboratorní přístroje, databáze, úložiště a výzkumné platformy)
• Navrhovat a udržovat datové modely pro experimentální data a metadata
• Vyvíjet backendové integrační služby a REST API
• Navrhovat řešení zajišťující spolehlivý a konzistentní přenos dat mezi systémy
• Podílet se na architektuře a rozvoji výzkumné datové platformy
• Pracovat s velkoobjemovými experimentálními daty (typicky desítky až stovky TB ročně ze sekvenačních a dalších laboratorních přístrojů)

Požadujeme

• Praktická znalost programování v Pythonu
• Dobrá znalost Linuxu
• Zkušenost s návrhem nebo implementací datových pipeline či integračních řešení
• Znalost relačních databází (PostgreSQL, MySQL nebo MariaDB) a SQL
• Zkušenost s REST API
• Orientace v principech ukládání dat (NAS, NFS, S3-kompatibilní úložiště)
• Práce s Git
• Praktická znalost Bash; zkušenost s PowerShell je výhodou při integraci laboratorních zařízení provozovaných na platformě Windows
• Schopnost analyzovat technické problémy a navrhovat řešení
• Angličtina na úrovni umožňující práci s technickou dokumentací a komunikaci s dodavateli

Výhodou

• Zkušenost s Dockerem nebo kontejnerizací
• Orientace v objektových úložištích (S3, MinIO, Ceph)
• Zkušenost s workflow nástroji (Dagster, Airflow, Nextflow)
• Znalost vědeckých datových formátů (FASTQ, BAM, CRAM, VCF, FCS, TIFF, OME-TIFF, HDF5)
• Zkušenost s LIMS nebo ELN systémy
• Zkušenost z výzkumného nebo laboratorního prostředí
• Zájem o moderní správu výzkumných dat

Nabízíme

• Možnost budovat výzkumnou datovou infrastrukturu od základů
• Významný vliv na návrh architektury a technologických řešení
• Práci s moderními technologiemi v oblasti biomedicínského výzkumu
• Spolupráci s výzkumníky, bioinformatiky a IT specialisty
• Odborný růst a zapojení do mezinárodních projektů
• Flexibilní pracovní dobu a možnost občasné práce z domova dle domluvy
• Stabilní dlouhodobé výzkumné prostředí
• Benefity (stravné, příspěvek na důchodové pojištění, příspěvky na dětskou rekreaci, příspěvek na očkování proti chřipce)
• Sportovní zařízení v areálu (squash, volejbal, basketbal a fitness)
• Nástup možný ihned nebo dle dohody

Koho hledáme

• Tato pozice je vhodná pro Python vývojáře/vývojářku, backend vývojáře/vývojářku, Data Engineer/ku nebo Systémového integrátora/ku, který/á chce pracovat na infrastruktuře pro vědecký výzkum. Nemusíte znát všechny používané technologie – důležité jsou dobré technické základy a chuť učit se
• Budete se podílet na návrhu technických řešení, implementaci datových služeb a postupném rozvoji celé platformy. Očekáváme schopnost samostatně řešit technické úkoly, diskutovat návrhy řešení a aktivně přispívat k návrhu výsledného řešení

V případě zájmu o tuto pozici zašlete Váš motivační dopis a strukturovaný profesní životopis nejpozději do 31. 8. 2026 na adresu personalni@img.cas.cz.