Centrum mikroskopie koordinuje a poskytuje logistické služby v rámci výzkumných infrastruktur Czech-BioImaging a Euro-BioImaging ERIC, zejména slouží jako centrální hub pro národní infrastrukturu Czech-BioImaging a jako koordinátor Pražského uzlu konsorcia Euro-BioImaging ERIC.
Prostřednictvím přidružených mikroskopických facilit je poskytován přístup uživatelů v režimu „open access“ k širokému spektru nejmodernějších přístrojů a technik světelné a elektronové mikroskopie, dále konzultační služby, příprava vzorků, analýza dat, nástroje pro zpracování obrazu a interpretace získaných výsledků a další.
Centrum mikroskopie spolu s facilitami světelné mikroskopie a elektronové mikroskopie organizuje vzdělávací kurzy v oblasti mikroskopie a dlouhodobě také spolupracuje s dalšími účastníky národních mikroskopických aktivit, Československou mikroskopickou společností a s výrobci mikroskopů v oblasti vývoje nových mikroskopických metod a inovací stávajících mikroskopických přístrojů.
Czech-BioImaging
Centrum mikroskopie koordinuje infrastrukturu Czech-BioImaging (CzBI). CzBI je národní vědecká infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování. Infrastruktura je v současnosti podporována z několika projektů poskytovaných Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy. Těmito projekty jsou „Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování (Czech-BioImaging)“ LM2015062 (2016-2019), LM2018129 (2020-2022) a LM2023050 (2023 – 2026), které jsou financovány z účelové podpory MŠMT pro velké výzkumné infrastruktury pro výzkum, vývoj a inovace.
Centrum mikroskopie plní roli centrály infrastruktury CzBI a funguje jako sekretariát řídících a poradních orgánů CzBI, udržuje webové stránky a databázi CzBI a koordinuje všechny aktivity CzBI, např. uživatelský přístup, vzdělávací aktivity, společné projekty.
Pražský uzel Euro-BioImaging ERIC
Centrum mikroskopie koordinuje účast České republiky v pan-evropské výzkumné infrastruktuře Euro-BioImaging ERIC (EuBI), která umožňuje přístup ke špičkovým zobrazovacím technologiím, poskytuje podporu při jejich využívání, pořádá expertní školení a zprostředkovává poradenství v otázkách správy zobrazených biologických a biomedicínských dat. Dále centrum zastupuovalo EuBI v projektu Horizontu 2020 „Vzdělávací program pro výzkumné infrastruktury (RItrain) a participuje na projektech Horizontu Evropa (ISIDORe, canSERV and IMAGINE).
Dále centrum mikroskopie koordinuje Pražský uzel EuBI pro pokročilou světelnou mikroskopii a elektronovou mikroskopii, který sdružuje zobrazovací pracoviště Ústavu molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., Biologického centra AV ČR, v. v. i., Fyziologického ústavu AV ČR, v. v. i., Ústavu experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Ústavu experimentální medicíny AV ČR, v. v. i., a BIOCEVu Univerzity Karlovy.
Činnost Centra mikroskopie je podporována Ministerstvem školství, tělovýchovy a sportu České republiky a kofinancována Evropskou unií.