| Tomáš Brabec | Mimořádná cena poroty – cena společnosti Česká hlava | |
| Pavel Hozák | Medaile Wilhelma Bernharda |
2016
| Ondřej Štěpánek | EMBO Installation Grant |
| Lukáš Čermák | European Commission Marie Curie Grant |
| Jan Dobeš | Cena Jaroslava Šterzla |
| Vladimír Varga | EMBO Installation Grant |
| Jan Svoboda | Cena Neuron za přínos světové vědě v oboru biologie. |
| Jiří Forejt | Národní cena vlády Česká hlava za celoživotní výzkum v oblasti myší genetiky. |
| Petr Svoboda and his team | Cena Akademie věd ČR za dosažené vynikající výsledky velkého vědeckého významu v oblasti „RNA interference u savců“. |
| Jan Svoboda | Byl zvolen Foreign Associate of the National Academy of Sciences of the USA. |
2015
| Petr Svoboda | ERC Consolidator Grant |
| Václav Pačes | Byl zvolen generálním tajemníkem FEBS na období 2017-2019 a byl vyzván k přednesení prestižní 14. přednášky Adriana Buzzati-Traverso. |
| Lenka Kyjacová | Novartis Discovery Award za základní výzkum v oblasti biomedicíny |
| Jiří Hejnar | Stříbrná pamětní medaile Senátu |
| Helena Fulková | Prémie Otta Wichterleho |
2014
| Matyáš Flemr | Discovery Award firmy Novartis za základní výzkum v oblasti biomedicíny |
| Ondřej Štěpánek | Cena za nejlepší vědeckou publikaci pro mladé imunology za rok 2013 sponzorovanou společností Biomedica ČS. |
| Jan Kosla | Cena za prestižní článek v oblasti onkologie, publikovaný v roce 2013 |
| Jiří Hejnar and his team | Cena Akademie věd ČR za dosažené vynikající výsledky velkého vědeckého významu v oblasti “Transkripční regulace retrovirů, retrovirových vektorů a retrotransposonů”. |
| Petr Svoboda | Cena Nadačního fondu Neuron v oboru medicína |
2013
| Jiří Bartek | Cena Františka Běhounka za šíření dobrého jména České republiky v evropském výzkumu a vývoji |
| Jiří Bartek, Václav Hořejší | Stříbrná pamětní medaile Senátu |
| Romana Mikyšková | Cena Milana Pospíšila 2013 za původní článek z oblasti přirozené a protinádorové imunity |
| Jana Písačková | HEC Meeting 2013 Award – nejlepší presentace |
| Václav Pačes | Cena Primátora Prahy – Ocenění přínosu k organizaci kongresů v Praze |
2012
| Peter Dráber | Cena Jaroslava Šterzla za nejlepší vědeckou publikaci v roce 2011 |
| Eliška Javorková, Ondřej Štěpánek | Cena Milana Pospíšila za nejlepší původní článek z oblasti přirozené a protinádorové imunity |
| Václav Pačes | Čestný doktorát VŠCHT Praha |
| Matyáš Šíma | 1. Cena RNDr. Michaela Boubelíka: Síma M, Havelková H, Quan L, Svobodová M, Jarošíková T, Vojtíšková J, Stassen AP, Demant P, Lipoldová M.: Genetic control of resistance to Trypanosoma brucei brucei infection in mice. PLoS Negl Trop Dis. 2011 Jun;5(6):e1173. (viz detail) |
2011
| Milan Reiniš | The CIMT 2011 Poster Award Improving Immunity |
| Marie Lipoldová | ARPA-CIS „Prof. Milan Pospíšil” Award 2011 – 2. místo (Publikace: Lipoldová, M. – Havelková, H. – Badalová, J. – Vojtíšková, J. – Quan, L. – Krulová, M. – Sohrabi, Y. – Stassen, A. P. – Demant, P.: Loci controlling lymphocyte production of interferon γ after alloantigen stimulation in vitro and their co-localization with genes controlling lymphocyte infiltration of tumors and tumor susceptibility. Cancer Immunology Immunotherapy. Roč. 59, č. 2 (2010), s. 203-213.) |
| Zuzana Hájková | Cena děkana PřF UK za nejlepší diplomovou práci |
| Petr Heneberg | Cena České imunologické společnosti za nejlepší vědeckou publikaci pro mladé imunology (Oceněná publikace: Heneberg P, Dráberová, L. – Bambousková, M. – Pompach, P. – Dráber, P.: Down-regulation of protein-tyrosine phosphatases activates an immune receptor in the absence of its translocation into lipid rafts. J Biol Chem. Roč. 285, č. 17 (2010), s. 12787-12802) |
| Lab. of J. Bártek (Zdeněk Hodný, Lenka Rossmeislová, Hana Hanzlíková, Kateřina Krejčíková, Markéta Vančurová) | Cena Akademie věd ČR za dosažené vynikající výsledky velkého vědeckého významu – za vědecký výsledek: Úloha PML v buněčném stárnutí |
| Jarmila Hnilicová | Cena Josefa Hlávky pro nejlepší studenty a absolventy pražských veřejných vysokých škol, brněnské techniky a mladé talentované pracovníky Akademie věd České republiky |
| Libor Macůrek | Prémie Otto Wichterleho mladým vědeckým pracovníkům |
2010
| Libor Macůrek | Prémie Otto Wichterleho mladým vědeckým pracovníkům |
| Jiří Bártek | Cena Neuron 2010 udělená Nadačním fondem Karla Janečka za celoživotní dílo v medicíně |
| Martina Huranová | Cena Josefa Hlávky pro nejlepší studenty a absolventy pražských veřejných vysokých škol, brněnské techniky a mladé talentované pracovníky Akademie věd České republiky |
| Jan Svoboda | Národní cena vlády Česká hlava za mimořádné výsledky v oblasti výzkumu retrovirů. |
| Ondřej Mihola | Cena Arnolda Beckmana za nejlepší vědeckou publikaci v oboru genetika. PubMed |
| Václav Pačes | Medaile Emila Votočka udělená VŠCHT Praha |
| Ondřej Mihola | Cena Scopusu pro rok 2009 (viz detail) |
1968 – 2009