Výzkum

Genomika, bioinformatika, analýza DNA, transkriptomika nádorů

Činnost naší laboratoře je založena na pokročilých aplikacích genomiky, transkriptomiky a bioinformatiky, nejdynamičtěji se rozvíjejících disciplínách současných věd o životě. Od roku 2017 provozujeme NGS sekvenátor Illumina NextSeq 500, který nahradil zastaralou čipovou technologii. Od roku 2019 provádíme transkriptomické a epigenomické analýzy na úrovni jednotlivých buněk technologií 10x Genomics. Vyvíjíme bioinformatické nástroje a protokoly k analýze dat vytvořených v naší laboratoři nebo dostupných ve veřejných databázích. Všechny funkčně-genomické a bioinformatické nástroje používáme jak ve vlastních vědeckých projektech, v dlouhodobých spolupracích s našimi kolegy a kliniky, tak k podpoře ostatních vědeckých skupin na Ústavu molekulární genetiky.

Transkriptomika nádorů
Jsme zapojeni do dlouhodobého projektu zaměřeného na dlaždicový karcinom hlavy a krku a rakoviny kůže. Zaměřujeme se na nádorové mikroprostředí a především interakci mezi nádorově-asociovanými fibroblasty a rakovinnými buňkami. Shromáždili jsme rozsáhlý soubor pacientských vzorků (> 100 pacientů) a vzorků nádorově-asociovaných fibroblastů. Tyto vzorky jsou studovány v rámci našich projektů, například nedávno uděleném projektu Centrum nádorové ekologie, který je podporován operačním programem Výzkum, vývoj a vzdělávání.

Bioinformatika a databáze, genomika 
Laboratoř tvoří jeden z uzlů celoevropské bioinformatické infrastruktury ELIXIR. Vyvinuli jsme a provozujeme databázi mitochondriálních sekvencí pocházejících ze vzorků staré DNA AmtDB a databázi lidských endogenních retrovirů HERVd. Ve spolupráci s Oddělením virové a buněčné genetiky studujeme endogenní retroviry i u jiných živočišných druhů. Ve spolupráci s dalšími skupinami na Ústavu molekulární genetiky se členové laboratoře zapojili do funkčně genomického výzkumu několika modelů maligních a imunitních chorob.

Nedílnou součástí naší laboratoře je Servisní laboratoř genomiky a bioinformatiky.

 

Poslední změna: 23. červenec 2020